1. It can be used as a pharmaceutical, pesticide, dye, and other organic synthesis intermediate. It can be used to synthesize 2-amino-pyrimidine, 2-amino-6-methylpyrimidine, 2- Amino -4, 6- dimetylpyrimidin, och är en mellanprodukt för tillverkning av sulfonamidläkemedel såsom sulfametoxazol, sulfametoxazol och sulfametoxazol.}
2. Guanidinhydroklorid (eller guanidinnitrat) reagerar med etylcyanoacetat till form 2, 4- diamino -6- hydroxypyrimidin, som används för att syntetisera antianemin fibrer .
3. Det kan också användas som ett protein denatureringsmedlet .
4. Som ett starkt denatureringsmedel i experimentet med att extrahera totalt RNA från celler . guanidinhydrokloridlösning kan lösa proteiner, orsakar strukturella skador på celler och sekundära strukturer av kärnproteiner, som dissocierar från nukleinsyror .} i dess hydroklorid .